首要是归纳交通运送系统、物流服务系统、流转系统、供应链管理系统、物流信息服务系统、物流规范系统、世界物流系统、应急物流系统等不完善。

       归纳交通运送系统没有完全构成。高效便捷、才能充沛、联接顺利、结构优化、布局合理的归纳交通运送系统有待时日，不同运送方法之间协调缺乏、联接不畅。运送结构不合理，铁路在归纳交通运送中的优势未得到充沛发挥。2016年全社会货运量中铁路占比仅7.7%，公路占比则高达78%。全社会货品周转量中铁路货品周转量占13%，公路则占比33.6%。

      南京物流公司服务系统尚不健全。"干、支、末"与"物流纽带、物流园区、物流中心、配送中心、终端网点"等构成的物流网络很不完善，干线之间、干线支线之间、干线、支线与配送之间、支线与结尾之间均存在许多薄弱环节。物理基础设备网络、信息网络、运营网络尚在构成之中。公共物流基础设备、社会化物流基础设备、企业自营物流基础设备之间的比例不尽合理。受经济、生产力、基础设备、市场化程度、信息化水平、需求等要素的影响，物流业空间散布"东高西低"（如西部地区铁路展开滞后，路网规划小，物流节点少），城市物流相对兴旺，物流公司、物流设备、物流活动高度集中在交通、信息更为兴旺的大中城市，乡村物流十分滞后且水平低下。"最早一公里""中心换装一公里""结尾配送与投递一公里"问题杰出。南京物流公司从农产品进城到中心运送环节的流转再到城市内部的配送、快递分段进行，运作流程多、效率低、本钱高。物流资源整合缺乏，各类物流资源涣散、分立、切割，物流资源缺少和资源糟蹋并存。

       "规划化、集约化、高效率"的现代流转系统没有构成。批发、零售等传统流转方法仍占主流，流转环节多、流转渠道长、买卖次数高，组织化程度低，流转方法落后，流转本钱居高不下。如农产品流转首要采纳农民-经纪人-产地批发市场-销地批发市场-零售终端这一传统形式，多环节买卖延长了物流周期，增加了南京物流公司本钱。医药流转从生产者到运用者，中心历经多级批发商、经销商、医药代表、医疗机构、零售商等，各环节层层加价。

        供应链管理系统缺少。从现在国家供应链、区域供应链、职业供应链、企业供应链看，国家间、区域间、职业间、企业间难以树立深层次互利共赢、资源同享的协作机制，难以展开上下游企业流程优化和功用整合，难以有用产业链、供应链和价值链。

        物流规范系统不健全。南京物流公司规范包含物流设备、设备、专用工具等技术规范，也包装、仓储、装卸、运送等作业规范，还包含收集、加工、处理、交换和应用等物流信息规范。物流设备和设备的规范化是物流业展开中一个关键问题，规范化关系到各种物流功用、要素的有用联接和协调展开，很大程度上影响着社会物流效率的进步。因物流规范面广量大、内容繁杂，一致规范难度很大，加之物流规范化作业相对滞后，使得物流规范化程度较低。并且，物流规范化系统还存在条块切割、部门切割，基本设备缺少一致规范、规范之间缺少有用联接等问题，进一步增加了搬倒、分拣、包装等环节。如托盘规范不一致，托盘不能循环运用，物流操作需屡次转移，预计一年至少增加商品损耗约400亿元。

      物流信息服务系统不完善。南京物流公司信息化和网络化建设滞后，没有构成强大、互联互通的信息服务系统，不同物流方法之间的信息碎片化、孤立化。许多部门和单位自建的信息数据库，实际上是一个个信息孤岛。同一运送方法之间不同企业之间、供需双方之间信息缺少连接与同享。物流资源配置不能在更大范围内进行，信息不对称或信息缺失使得供需失衡。信息缺失和不对称使得货运空载问题杰出。

       应急物流服务系统严重滞后。南京物流公司能力薄弱，在应对各类重大突发性事情时，难以做到"第一时间"应急物资的保证。