企业和要素层面的原因       

         第三方物流公司开展不足。许多出产流转企业"大而全"、"小而全"，具有自己的物流设备。第三方物流公司水平不高，专业化、精细化、体系化服务水平低，特别缺少一揽子服务才能。

        南京物流公司规模小，小散弱，彼此缺少协作。以公路货运企业为例，挂号注册的78.9万家企业，每家平均具有车辆只要2.5辆；近万家快递企业，仅少数企业规模过百亿。物流企业之间缺少有用的协作与整合，难以优势互补及发挥规模经济、范围经济与网络经济效应。

        南京物流公司的物流装备、技术、管理、组织、人员、信息等有待提高。大都物流企业规模小、实力弱，无力进行大规模、高水平的技术装备更新和改造，物流作业自动化水平较低。在转移、点货、包装、分拣、订单及数据处理等环节，手工操作方式仍占主导，差错率高、功率低。企业管理粗放，组织结构缺少灵活性。从业人员素质不高，不遵守操作流程，粗野分拣等，造成了很多的丢失。企业对信息化注重不行，企业信息化水平不高，缺少体系的IT信息解决方案，难以快速定制解决方案，确保订单履约的准确性，满意客户的个性化需求。

        生产要素价格持续上涨，推动了南京物流公司升高。近些年，物流从业人员薪酬上升较快，对劳动密集型的物流企业影响较大。一起土地、房租在一些大中城市上涨很快，给企业带来很大压力。

体制和政策层面的原因
       南京物流公司市场体系尚不完善。一致开放、公平竞争、规范有序的物流市场体系没有构成，商场切割、垄断行为、诚信缺失等问题杰出。地区间行政切割，缺少统筹规划，尚不能构成开展合力，物流、快递、配送车辆等要素难以自由流动。

        物流管理体系尚不完善。物流活动跨部分、跨地区、跨行业特色要求实施"大物流"管理体系，现在中心层面，物流业管理涉及开展变革、商务、交通、铁路、民航、工信、公安、财务、海关、工商、税务、质检、规范等部分，虽各司其职，但缺少和谐，难以构成开展合力，对资源整合与一体化运作构成体系性障碍。当地层面，南京物流公司管理体系更是不同很大。

        税收方面，交税环节多，运送、配送、仓储等范畴重复征税，物流各环节营业税税率不一致，这些加剧了南京物流公司税收负担，不利于物流一体化运作和资源整合。

         交通方面，收费公路准则有待完善，收费公路价格、站点还有很大优化空间。各地"分期限行、限制卡车进城、大幅提高停车费"城市交通管控措施，也增加了南京物流公司运送本钱。

          海关方面，现行物流转关和查验检疫的手续较为杂乱，通关时效性有待提高。